肛门尖锐湿疣初期可以使用外用药物，如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等。也可以在医生指导下口服阿昔洛韦片、转移因子胶囊等药物进行治疗。
一、外用药物
1.咪喹莫特乳膏：是一种免疫调节剂和局部细胞毒性药物，可使疣体坏死脱落，适用于治疗肛周尖锐湿疣。但患者需要遵医嘱用药，并且要按时按量涂抹，才能达到较好的效果。
2.鬼臼毒素软膏：主要成分为鬼臼树脂，可通过抑制蛋白质的合成而起到抗病毒的作用，从而促使疣体组织坏死、脱落，可用于治疗肛周尖锐湿疣。如果患者的皮肤有破损，则不建议使用该药。
二、口服药物
1.阿昔洛韦片：属于一种抗病毒类药物，具有广谱抗病毒作用，能够有效控制病情的发展，在临床上主要用于治疗单纯疱疹或带状疱疹感染引起的不适症状。但是对该药物过敏的人群是禁止使用的，以免引起不良反应。
2.转移因子胶囊：是一种西药制剂，为免疫增强辅助用药，常用于某些抗生素难以控制的病毒性或霉菌性细胞内感染的辅助治疗。如果患者存在肛门尖锐湿疣的情况，可以在医生指导下服用此药来缓解病情。
除此之外，还可以通过激光治疗、微波治疗等方式进行改善。日常生活中要注意个人卫生，勤换洗内裤，避免发生不洁的性生活。
