自闭症属于多基因遗传病，涉及多个基因与环境因素的复杂交互作用，而三代试管婴儿技术仅筛查单基因和染色体异常，所以从技术角度来说，三代试管婴儿技术目前无法完全排除自闭症的发生，同时三代试管技术不能排除孕期环境因素(如感染、理化刺激)或其他未知因素导致自闭症的可能性。
三代试管能不能排除自闭症
自闭症又称孤独症，是一种较为严重的发育障碍性疾病。自闭症主要表现为不同程度的社交互动和社交交流障碍，比如缺乏与人目光对视、难以理解他人的情感和意图、不能建立正常的人际关系等。或存在语言交流障碍，语言发育迟缓、语言形式及内容异常等。
目前临床上，了解到自闭症的成因较为复杂，通常是先天因素和后天因素相互作用的结果。一般来说，针对自闭症患者，可通过三代试管婴儿，筛查因先天遗传因素，以此选择健康的胚胎移植，不过但由于自闭症导致因素较多，所以三代试管婴儿不可以排除自闭症，其原因如下：
1、自闭症病因复杂
自闭症是一种多基因、多因素导致的复杂疾病，涉及遗传和环境的相互作用。而三代试管婴儿技术主要针对明确的单基因疾病或染色体异常进行筛查，对于自闭症这种复杂的多因素疾病，其筛查能力有限。
2、技术有局限性
三代试管婴儿技术(如PGS/PGD)主要检测胚胎的染色体数目和结构异常，虽然也能对部分已知的单基因疾病进行筛查，但即使通过技术排除了已知的相关基因突变，也不能保证孩子不会患自闭症。
3、环境因素的影响
自闭症的发病不仅与遗传有关，还与孕期感染、理化因子刺激(如药物、酒精等)、产后环境等因素密切相关。三代试管婴儿技术无法干预这些后天环境因素，因此不能完全排除自闭症的风险。
一般来说，对于有自闭症家族史或担忧自闭症风险的夫妇，三代试管婴儿技术仍可作为一种辅助手段，帮助筛选出染色体正常或无已知单基因疾病的胚胎，但不能替代产前诊断和产后早期干预。如果家族中有自闭症病史或存在担忧，建议在备孕前咨询专业的遗传医生，进行全面的遗传咨询和风险评估。
