囊胚和鲜胚的最大不同之一是囊胚是从胚胎组织中分离出来的，而鲜胚是从新*儿的胎盘中分离出来的。囊胚具有稳定的基因组，它们可以自发形成细胞聚合物（命运细胞），并可以诱导出各种细胞类型。相反，鲜胚不能自发形成细胞聚合物，但它们能够分化成大多数细胞类型。
囊胚和鲜胚在体外诱导的过程中也有所不同。囊胚的诱导比鲜胚的诱导要复杂得多，需要更多步骤。囊胚需要先培养成细胞聚合物，然后进行分化，才能诱导出具有特定功能的细胞。而鲜胚则更加简单，只需要通过简单的分化就可以诱导出有特定功能的细胞。
另一方面，在成功率方面，一般认为鲜胚的诱导成功率要比囊胚高。实际上，有研究表明，与囊胚相比，鲜胚的诱导成功率可以达到90％以上，而囊胚的诱导成功率只有50％左右。这是因为鲜胚具有较强的分化潜力，可以更快地诱导出有特定功能的细胞。
囊胚和鲜胚在移植治疗中也有所不同。从安全性的角度来看，鲜胚比囊胚更可靠，因为鲜胚的基因组更加稳定，而囊胚的基因组更加不稳定。因此在移植治疗中，鲜胚比囊胚更可靠。
