供卵试管婴儿和第三代试管婴儿之间是有很大的区别的，具体可以体现在排卵对象、适用人群、获批条件、成功率，以及费用不同等方面。供卵试管婴儿只是在试管婴儿的基础上，采用第三方的卵子和男性的精子结合培养成胚胎，在移植到女性的子宫。而第三代试管主要是在试管婴儿的基础上，增加了遗传学筛查和诊断的技术，再将健康的胚胎移植到女性的子宫。
供卵试管婴儿和第三代试管婴儿的基本要求是相同的，都需要夫妻双方有结婚证，其次需要双方有健康的身体条件，并且女性需要具有生殖的能力、没有严重传染性疾病和**史等。而两者之间具体的区别体现在：
1.供卵试管婴儿是在患者没有健康卵子的情况下，采用第三方的卵子，所出生的婴儿一般都不会遗传生育者的基因，而第三代试管婴儿是直接采用生育者的卵子；
2.供卵试管的适应症却要求受方女性有明显的医学医学指征，比如卵巢功能低下、卵巢早衰、染色体异常、排除男方因素的多次常规试管失败等，而三代试管的适应人群是夫妻双方中有家族遗传病史、不明原因的不孕症等；
3.国内公立医院做第三代试管婴儿需要三证，身份证、准生证以及结婚证，而供卵试管，除了三证以外还必须符合供卵试管助孕的医学指征，否则不予批准和安排；
4.供卵试管因有第三方卵子的“支持”，胚胎质量和数量均有保障，可大大提高胚胎着床率，但无法保证男性的精子情况，也不能保证胚胎质量，而三代试管婴儿对胚胎的筛查率是非常高的，成功率相对也会更高，可以达到70%左右；
5.供卵试管与常规试管的收费项目基本相同，主要包括全身检查、药物调理费用、供卵者促排治疗费用、实验室培养费用、移植胚胎费用以及胚胎冷冻费等，而三代试管婴儿在此基础上还需要花费遗传学筛查的费用。
供卵试管婴儿并不能直接和三代试管婴儿做比较，这是因为供卵试管婴儿只是女性无卵子可以用，在男女双方身体都正常的情况下，供卵试管可以直接做一代试管，在男方精子异常时，做供卵可以通过二代试管进行，在男女双方中有家族遗传史的时候，供卵试管也可以做三代试管。
